Pop-ups worden veel gebruikt om reclame te maken op webpagina's. In extreme gevallen kan een webpagina zo'n groot aantal verschillende pop-ups openen dat de computer van de gebruiker vastloopt. Veel gebruikers hebben een hekel aan pop-ups die gebruikt worden voor reclame, en verwelkomen de pop-up blockers die in moderne browsers zijn ingebouwd.

Pop-ups worden ook gebruikt voor het installeren van adware en spyware op computers. Vooral pop-ups die lijken op een standaard melding van de computer en vragen om op "Ok" te drukken zijn verleidelijk. Het effect is dat veel mensen onbewust toestemming geven om programma's op hun computer te installeren.